“Кърджалийско време” е монографията, за която на публична защита Вера Мутафчиева получи най-високата научна степен – доктор на историческите науки. Тя потвърди лидерската позиция на своя автор не само в гилдията на специалистите по история на Османската империя, но и в цялата историческа общност. Защото няколкото десетилетия от втората половина на XVIII и началото на XIX в., които народът ни нарича Кърджалийското време, са най-страшното от многото страшни времена, преживяни от българите и от всички други жители на османската провинция на Балканите. И в документите от епохата, и в спомените на съвременниците, и в историческите изследвания Кърджалийското време дълго беше неясна мъглявина, чиято разрушителна мощ преживяват две човешки генерации. Голямото достойнство на това изследване е, че то „подреди хаоса”. „Кърджалийско време” представя в детайли последователния ход на събитията и отговаря на въпросите защо, кога точно и как във втората половина на XVIII в. избухва неудържимата стихия на размирието, на всеобщото зло. Чрез анализа на огромен брой документи, голяма част от които открити от самата нея в Ориенталски отдел на НБ „Кирил и Методий”, В. Мутафчиева обясни неговите причини, движещите го обществени сили, последиците и тенденциите, които внася в последвалите го десетилетия. Стабилността на аргументите й показа, че историческите изследвания могат да имат същата степен на обективност, както и науките, които наричаме „природни”. Направи го с прецизността на хирургична операция. В този строг анализ на документи, събития и личности емоцията липсва. В. Мутафчиева само намеква за своето отношение в някои саркастични забележки, а въображението й е ограничено в добре обосновани предположения. Личните си представи, познания и чувства към „героите на епохата” и към огромното мнозинство от техни жертви, т.е. хората, живели в Кърджалийското време, В. Мутафчиева преплита в голям художествен разказ в романа си „Летопис на смутното време”. Двете творби имат общ исторически сюжет, но той е представен и интерпретиран от различен ъгъл на наблюдение и с различни интелектуални подходи. Научната монография осветлява политическите, икономическите, военните измерения на разрушителното размирие. В романа те са фонът, който предопределя „въртопа” на човешките съдби. Ако „Кърджалийско време” очертава рамките и същността на размирната епоха, „Летопис на смутното време” конкретизира в човешки животи нейната брутална жестокост, безкрайно насилие, пълен разпад на морални ценности. И в двете творби те са очертани като многогодишно ежедневие, което предопределя житейската съдба на всички: османските султани, отцепниците и бандитите, селяните и гражданите в българските земи.