Свещеник Стефан Михайлов е роден в с. Страхилово, област Велико Търново, България. Учи в Априловската гимназия в Габрово, а през 1973 година се дипломира в Духовната академия в София. През 1974 г. е ръкоположен за свещеник в гр. Русе от Доростоло-Червенския митрополит Софроний.

Напуска България през 1981 г. и емигрира в Австралия. През 1984 г. пристига в Америка, за да работи като свещеник в новосъздадената българска православна църква „Св. Георги" във Вашингтон. Завежда религиозните програми за радиостанциите „Гласът на Америка" и „Свободна Европа" от 1985 до 1992 г. Във Вашингтон през 1984 г. започва работа в Института за чужди езици към Държавния департамент на САЩ, където се подготвят американските посланици и дипломати за работата им в чужбина.

Награден е от Държавният департамент на САЩ с престижната награда „Франклин". През 2003 г. получава паметен медал от американското и българското правителство по случай 100 години дипломатически отношения между България и САЩ. През месец април 2007 г. за Великден свещеник Михайлов, неговата съпруга и няколко други български семейства организират и полагат основите на българската православна църква „Свети Иван Рилски" за Вашингтон и околностите, където е назначен за постоянен свещеник.