Конъли е роден на 21 юли 1956 в Филаделфия, щата Пенсилвания. Докато следва в Университета на Флорида, той се запалва по романите на Реймънд Чандлър и решава да запише журналистика. След като завършва следването си през 1980 г., той работи като журналист във вестници в Дайтона Бийч и Форт Лодърдейл, като се занимава предимно с криминална репортажи.

През 1986-а, заедно с двама свои колеги, Конъли прекарва няколко месеца в интервюиране на оцелели в самолетна катастрофа. Статия на тази тема, която те публикуват в едно списание, е номинирана за Пулицър. Скоро след това започва работа като криминален репортер във вестник Лос Анджелис Таймс, един от най-големите в Щатите.

Три години по-късно започва да пише първия си роман, който е публикуван през 1992 г. Главен герой в него е детектив Хари Бош. Поредицата за Бош засега включва 13 романа. Конъли пише и други романи, в някои от които главни действащи лица са някои от персонажите в книгите за Бош.

Майкъл Конъли печели всички големи международни награди в криминалния жанр - Edgar, Anthony, Macavity, Shamus, Dilys, Nero, Barry, Audie, Ridley, Maltese Falcon (Япония), .38 Caliber (Франция), Grand prix de litte'rature policie`re (Франция) и Premio Bancarella (Италия). Той е сред най-успешните американски писатели и един от водещите представители на криминалния жанр, а в периода 2003-2004 е председател на Организацията на американските автори на криминални романи.

През 2002 е един от сценаристите и продуцентите на сериала Level 9. През същата година романът Кръв е филимиран, като режисьор и участник в главната роля е Клинт Истууд.